A Fratta Carlino trova la zia e lo zio conte, il capitano Sandracca, le cugine Clara e Pisana, cuoche e servi tra i quali Martino, un vecchio che assume nei confronti del bambino un ruolo paterno. Tutti questi personaggi vengono seguiti nel corso del romanzo fino alla loro morte e ad essi si affiancano i frequentatori del castello, primo fra tutti Lucilio, medico, innamorato corrisposto dalla contessina Clara. Sopportato più che amato, e tenuto in disparte, Carlino ha una infanzia abbastanza libera, poiché la severità dei principi educativi adottati al castello è unita all’indifferenza e lascia quindi spazi di autonomia. Fin dai primi anni si stabilisce tra Carlo e la cugina Pisana un rapporto di attrazione reciproca, di devozione senza riserve da parte di Carlo e di gioco, dispetto, civetteria ma anche di sinceri slanci da parte della Pisana. La storia d’amore dei due personaggi, dall’infanzia fino alla maturità, rimane sempre dominata dai mutevoli atteggiamenti della Pisana che vanno dalla passione, alla bizzarria, alla dedizione, alla sventatezza e al dispetto. Dopo i primi sei capitoli (il romanzo ne conta 23) dedicati ai ricordi dell’infanzia, il ritmo della narrazione si fa molto più rapido. Carlino fa le sue prime esperienze negli ambienti liberali di Padova, città dove si è recato a studiare legge; familiarizza con le opere di Rousseau ed è attratto da quanto viene a sapere della Rivoluzione Francese.
Intanto il mondo di Fratta si è disgregato una prima volta: Clara è andata a Venezia con la madre dopo che le è stato impedito il matrimonio con Lucilio e ha rifiutato il fidanzato imposto dalla famiglia; la Pisana, con una decisione improvvisa e insensata, si è sposata con un nobile veneziano vecchio e ricchissimo. Durante la repubblica e la discesa di Napoleone, a Venezia si trovano tutti i personaggi principali e fra di essi non solo Carlino, ma anche la Pisana, sono pieni di speranza per le prospettive di libertà che le vicende sembrano aprire. Il trattato di Campoformio rappresenta per tutti una delusione; la Pisana lascia il suo amante perché è un ufficiale dell’esercito napoleonico e va a vivere con Carlino. Questi però deve presto fuggire da Venezia nuovamente austriaca e va a Milano, dove si impiega in qualità di cancelliere nella Repubblica Cisalpina. Entra nella legione comandata da Carafa del quale la Pisana in maniera immotivata, come accade per tutti i suoi amori, è divenuta amante; combatte a Napoli per la Repubblica Partenopea ed è fatto prigioniero. Condannato a morte, viene salvato per l’intervento di Lucilio e della Pisana che lo segue prima a Genova e poi a Bologna. A questo punto un altro improvviso abbandono della Pisana che tornerà da Carlo soltanto quando questi, di nuovo a Venezia, dopo l’istituzione del Regno Italico, si ammala e ha bisogno di cure. Insieme vanno a rivedere i luoghi della loro infanzia e a Fratta conoscono Aquilina che, in ubbidienza ad un inspiegabile ma tenace disegno della Pisana, Carlino sposa.
Nel 1820 Carlo combatte con Guglielmo Pepe a Rieti; è ferito, fatto prigioniero e condannato ai lavori forzati. Perde la vista e la pena gli viene commutata in esilio grazie ad un nuovo salvifico intervento della Pisana che lo accompagna a Londra, lo assiste con dedizione estrema, arriva a chiedere per lui l’elemosina per le strade. Qui incontra casualmente Lucilio che con un’operazione guarisce dalla cecità Carlino; la Pisana invece, irrimediabilmente provata dalle fatiche, muore. Carlo torna a Venezia e qui sopravvive alla morte dei figli e degli amici che stanno lottando per l’indipendenza d’Italia. Assiste anche alla definitiva distruzione del mondo di Fratta.